自動では注文されません。
配席後に、該当のコースメニューを手動で打ち込む必要があります。
SMART RESERVEのオンライン決済機能は、あくまで「代金を事前に決済する機能」であり、USENレジの注文画面へ自動でメニューが連携・追加される機能ではございません。 
お手数ですが注文登録を行ってください。